北京电子科技学院的前身是1947年8月在河北省平山县西柏坡开办的中央工委青年训练班，由中央工委直接管理。建校以来，先后经历了张家口军委工程学校、北京电子专科学校、北京电子科技学院等6个发展时期。

1981年，国务院批准成立北京电子专科学校，校址设在北京昌平小汤山。1983年下半年迁至海淀区永定路北3号，并正式对外公开招收大专生。

1992年，经国家教委批准，在北京电子专科学校的基础上，建立北京电子科技学院，1993年开始招收本科生，并增设函授教育。同年，中央办公厅决定将中南海业余大学并入北京电子科技学院。1999年2月，学院迁至丰台新校园。同年，学院通过教育部本科教学合格性评价。

2003年，学院与西安电子科技大学联合开展学术型硕士研究生教育。2011年，经教育部批准，学院独立开展硕士专业学位研究生试点工作。

目前，学院已经发展成一所以工为主，理、工、管协调发展，涵盖本科教育、研究生教育、在职干部培训，办学特色鲜明的普通高等学校。